El centro comienza su andadura en el curso 1990-1991 denominándose Extensión de Cártama del I.B. Nº 12 de Campanillas, al curso siguiente se transforma ya, en Instituto de Educación Secundaria, denominándose provisionalmente I.E.S. de Cártama, por no estar concluido el edificio se imparte el primer curso y hasta enero del siguiente en el C.P. Pablo Neruda, el nombre actual de I.E.S. Valle del Azahar se realiza en una sesión de Consejo Escolar de 27 de mayo de 1992, aunque la denominación era de instituto de educación secundaria se impartía las enseñanzas propias del antiguo plan de enseñanza (Ley 14/1970, de 4 de agosto, General de Educación y Financiamiento de la Reforma Educativa, denominada Ley de Villar Palasí). Se construyó para 3 líneas que suponía aproximadamente unos 300 alumnos. En 1996 se implantó la L.O.G.S.E. (Ley 1/1990 de 3 de Octubre (B.O.E. de 4 de Octubre de 1.990)), para lo cual, se habilitaron nuevos espacios, cerrándose el porche de la parte baja para construir aulas específicas, tales como la de tecnología y la de música, además se creó el espacio destinado al departamento de orientación. En el curso 1996-1997 comenzaron los primeros 3º de la ESO, el primer ciclo se seguía impartiendo en los colegios adscritos, fue en 1998 con la construcción del denominado “Edificio Anexo” cuando empezamos a impartir toda la secundaria (primer y segundo ciclo), también fue el primer curso del ciclo formativo de grado medio de comercio.

Este edificio anexo al estar separado unos 400 metros tenía dividido al centro, además las ocho aulas de que constaba se dedicó en su totalidad a los ocho grupos del primer ciclo, 4 de 1º de la E.S.O. y otros tantos de 2º.

Durante el curso 2008-2009, se realizó la ampliación, que de manera resumida consistía en unir mediante un nuevo edificio los dos ya existentes, creando espacios apropiados para el desarrollo de una enseñanza acorde con los tiempos, nos referimos a la Biblioteca, Mediateca, ampliación del Salón de Actos, aula de Educación Especial, aula de Música, dos de Informática y recuperación de otras (concretamente se recuperó el Laboratorio de Física y cinco departamentos didácticos).

Por lo tanto, en el curso 2009-2010, el centro ya era un solo edificio y se volvía a tener la sensación de unidad. En él se cursa actualmente Enseñanza Secundaria Obligatoria (Primer y Segundo Ciclo) y Postobligatoria (Bachillerato en sus modalidades de Ciencias de la Naturaleza y de la Salud y Humanidades y Ciencias Sociales, así como un Ciclo Formativo de Grado de Medio de Comercio y un Programa de Garantía Social de Auxiliar de Oficina).

Además, contamos con un aula de apoyo a la integración para alumnos y alumnas con problemas de aprendizaje.

Por otro lado, el Centro atiende las necesidades de formación de las personas adultas, impartiendo los niveles de Educación Secundaria de Adultos en la modalidad de presencial y semipresencial(la finalidad de este nivel educativo es ofrecer los elementos básicos de la cultura a las personas con carencias y necesidades de formación básica o con dificultades para la inserción y promoción laboral y capacitarles para participar en su entorno social y cultural o para acceder a la Formación Superior) y Postobligatoria (Bachillerato en sus modalidades de Ciencias de la Naturaleza y de Ciencias Sociales).

Se completa nuestra oferta educativa en horario de tarde, con el curso del That’s English que depende de la Escuela Oficial de Idiomas (E.O.I.) de Málaga.

Nuestro alumnado procede de cuatro centros adscritos para secundaria que son: el C.E.I.P. La Campiña, C.E.I.P. Cano-Cartamón, el C.E.P.R. Pablo Neruda y el C.E.I.P. El Sexmo. El alumnado procedente de este último colegio ingresan en el nivel de 3º de E.S.O., muy probablemente, casi con toda seguridad, para el curso 2013/2014 lo hagan ya desde 1º de E.S.O., como lo realiza el resto. También tenemos un centro adscrito para Bachillerato que es el I.E.S. Jarifa de Cártama.